A XVII. század derekán két portugál jezsuita szerzetes érkezik Japánba. Céljuk, hogy elősegítsék egyházuk tevékenységét, valamint hogy utánajárjanak a híreknek, miszerint a gyorsan terjedő kereszténység betiltása után a japánok kínzással igyekeznek hitük megtagadására bírni a megtérteket és a misszionáriusokat. A két szerzetest egyúttal személyes indíték is vezérli, amikor vállalják a kalandos tengeri utazást: arról is hír érkezett Portugáliába, hogy a főhős, az ifjú Rodrigues atya hajdani mentora, rajongva tisztelt egykori szerzetestársuk ugyancsak megtagadta hitét.

A szamurájok harsányan kegyetlen világa szinte fülsiketítővé erősíti Rodrigues háborgó lelkében Isten némaságát. Utazása egyben belső út is, melynek végcélja kételyeinek eloszlatása, erkölcsi és hitbéli kérdéseinek megválaszolása.

Endó Súszaku történelmi regénye valós alapokon nyugszik: a szerző életművének legelismertebb remekműve a portugál Cristóvao Ferreira atya történetét idézi fel, aki a keresztényellenes Tokugava-sógunátus alatt lett a jezsuita rend feje.