Laurentius Hylast "felforgató eszméi" miatt eltanácsolják a Leideni Egyetemről. A XVII. század végén járunk. A diák úgy dönt, hogy Észtországban, a Tartui Egyetemen folytatja tanulmányait.
A városban éppen éhínség tombol. Friedenthal regénye az új környezetben eltöltött első napok krónikája. A Méhek középpontjában az emberi lélek, illetve annak torzulásai állnak. Szerelem és árulás, valóság és illúzió itatja át egymást a könyv lapjain és Laurentius elméjében. Lassanként, apró töredékekből tárul fel a diák múltja. És a végére kiderül, a halál nem feltétlenül a legrosszabb eshetőség. Ha létezik halál egyáltalán...